Programación para Bioinformática

Curso: Cuarto, primer semestre

Nivel: Avanzado

Tipo: Obligatoria de itinerario computacional

ECTS: 4

Prerrequisitos: Ninguno, aunque se recomienda tener aprobadas la asignaturas de “Bioinfomática” de segundo curso, así como, las asignaturas de “Sistemas informáticos” y “Programación” de tercer curso del itinerario computacional

Profesor: Pablo Rodríguez Palenzuela

Horarios: Jueves 12:30 -13:30 / Viernes: 12:30 – 14:30

Aula: A1

Exámenes y evaluación: continua

TIPO DE PRUEBA PORCENTAJE EN NOTA FINAL
Prácticas evaluadas 50%
Examen final con ordenador 50%

Actividades formativas:

ACTIVIDAD BREVE DESCRIPCIÓN HORAS
Presencial (teoría) Se aplicarán los conceptos básicos del lenguaje de programación Perl a la bioinformática 22
Clases de problemas El alumno resolverá individualmente ejercicios específicos, y escribirán o diseñarán los programas que cumplan esas especificaciones 22

Temario:

1. Escalares y operadores

2. Estructuras de control

3. Listas y Arrays (Array es un elemento básico en los lenguajes de programación. Es una lista ordenada de objetos. Esta lista se encuentra compuesta por números de 0 a N. Es decir, el primer elemento de la lista se encuentra siempre en la posición 0. Gracias a esto podemos acceder a los elementos del Array de multiples formas (ascendente, descendente,…). Al Array muchas veces se le llama también matriz o lista)

4. Subrutinas (proceso o función que se realiza en programación, dentro de un algoritmo (un programa))

5. Hashes (hash o funciones de resumen son algoritmos que consiguen crear a partir de una entrada (ya sea un texto, una contraseña o un archivo, por ejemplo) una salida alfanumérica de longitud normalmente fija que representa un resumen de toda la información que se le ha dado (es decir, a partir de los datos de la entrada crea una cadena que solo puede volverse a crear con esos mismos datos))

6. Input/Output, Lectura de ficheros

7. Expresiones regulares

8. Módulos (módulo es una porción de un programa de computadora. De las varias tareas que debe realizar un programa para cumplir con su función u objetivos, un módulo realizará, comúnmente, una de dichas tareas (o varias, en algún caso))

9. Estructuras de datos complejas

10. Perl y bases de datos relacionales (Perl es un acrónimo de Practical Extracting and Reporting Languaje, que viene a indicar que se trata de un lenguaje de programación muy práctico para extraer información de archivos de texto y generar informes a partir del contendido de los ficheros. Es un lenguaje de programación que toma características del lenguaje C)

11. Introducción a Bioperl (Aplicación del lenguaje Perl a procesos biológicos)

Resultados de aprendizaje y aplicaciones en Biotecnología:

  • Tener la capacidad de automatizar procesos bioinformáticos mediante programas en Perl.

Para más información, acude al siguiente enlace de la página web de la ETSIA:
https://www2.etsia.upm.es/intranet/GuiaDocenteBolonia/AsignaturaGD.php?CodigoAsig=25004417&NombreAsig=Programaci%C3%B3n%20para%20Bioinform%C3%A1tica&GrupoAsig=0&CodAnio=1415&Titulacion=C&Curso=28

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